基因调控动态网络，基因调控动态网络是什么

摘要： 今天给各位分享基因调控动态网络的知识，其中也会对基因调控动态网络是什么进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！本文目录一览：1、基因表达的调控主要包...

今天给各位分享基因调控动态网络的知识，其中也会对基因调控动态网络是什么进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！

本文目录一览：

• 1、基因表达的调控主要包括那几个方面?
• 2、基因表达调控的方式有哪些
• 3、转录调控网络有哪些特点?
• 4、3D基因组简介
• 5、SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类
• 6、植物转录因子调控网络该怎么研究?

基因表达的调控主要包括那几个方面?

1、基因表达调控可见于从基因激活到蛋白质生物合成的各个阶段，包括转录水平（基因激活及转录起始）、转录后加工及运转、翻译及翻译后水平的调控，但以转录水平的基因调控最为重要，在转录中，转录起始又是最关键的调控环节。

2、真核生物基因表达调控主要表现在转录水平调控、转录后水平调控、mRNA加工、翻译水平调控等。转录水平调控：这是基因表达调控中最重要的一环。

3、基因表达调控主要表现在几个方面：第一是染色质水平上的调控。基因转录前染色质结构需要发生一系列重要变化，这是基因转录的前提，活化的基因处于染色质的伸展状态之中，可以被转录，而非活化的染色质DNA不能被转录。

4、简述真核基因表达调控的7个层次如下：DNA 水平的调控：DNA 序列本身可以影响基因表达的水平，比如启动子区域和转录因子结合位点的存在与否会影响基因的转录率。

5、基因表达调控 主要表现在以下几个方面：① 转录水平上的调控；② mRNA加工、成熟水平上的调控；③ 翻译水平上的调控； 基因表达调控的指挥系统有很多种，不同生物使用不同的信号来指挥基因调控。原核生物和真核生物之间存在着相当大差异。

6、转录水平调控：转录起始、延伸、终止均有影响。原核生物借助于操纵子，真核生物通过顺式作用元件和反式作用因子相互作用进行调控。转录后水平调控：真核生物原初转录产物经过加工成为成熟的mRNA，包括加帽、加尾、甲基化修饰等。

基因表达调控的方式有哪些

1、DNA甲基化分析：DNA上特定CpG序列处的胞嘧啶甲基化修饰对基因表达有抑制作用。检测DNA的甲基化状态有助于了解该基因的转录活性。

2、基因扩增：通过改变基因数量而调节基因表达产物的水平。基因扩增是细胞短期内大量产生出．某一基因拷贝从而适应特殊需要的一种手段。

3、基因表达调控主要表现在几个方面：第一是染色质水平上的调控。基因转录前染色质结构需要发生一系列重要变化，这是基因转录的前提，活化的基因处于染色质的伸展状态之中，可以被转录，而非活化的染色质DNA不能被转录。

4、蛋白泛素化修饰或者用siRNA（或shRNA）干涉处理。DNA和染色体水平：基因丢失、基因修饰、基因重排、基因扩增、染色体结构变化。转录水平调控：转录起始、延伸、终止均有影响。

5、转录水平调控：这是基因表达调控中最重要的一环。转录是指以DNA为模板合成RNA的过程，只有在转录水平上对基因表达进行精细调控，才能确保生物体在需要时合成特定的蛋白质。

6、转录调控 通过转录因子直接调控靶标DNA表达是最简单和最直接的转录调控改变转录水平的方法。基因的编码区周围通常都具有几个蛋白质结合位点，具有调节转录的特定功能。常见的调控蛋白质与DNA结合的位点有增强子、绝缘子和沉默子。

转录调控网络有哪些特点?

1、特点：转录时，细胞通过碱基互补的原则来生成一条带有互补碱基的mRNA，通过它携带密码子到核糖体中可以实现蛋白质的合成。与DNA的复制相比，转录有很多相同或相似之处，亦有其自己的特点。

2、原核基因转录调控的特点 ①原核基因的表达调控主要包括转录和翻译水平。②原核基因表达调控主要为负调控。③原核转录不需要转录因子，RNA聚合酶直接结合启动子，由sita因子决定基因表的的特异性。

3、转录时，细胞通过碱基互补的原则来生成一条带有互补碱基的mRNA，通过它携带密码子到核糖体中可以实现蛋白质的合成；转录中，一个基因会被读取并***为mRNA。

3D基因组简介

三维基因组学是一门研究基因组三维空间结构与功能的新兴学科，主要研究基因组序列在细胞核内的三维空间构象，及其对DNA***、DNA重组、基因表达调控等生物过程的生物学效应。

另一方面，自2009年高通量染色质构象捕获（Hi-C）技术问世以来[4]，空间基因组学领域的许多研究主要集中在绘制细胞核内基因组的3D组织结构图谱[5，6]。

LAD约占基因组的40％，大小介于40kb至30Mb之间，基因较少。LAD主要由转录沉默染色质组成，富含组蛋白H3K27me3 ，这是异染色质的常见翻译后组蛋白修饰。

并在1***7年，桑格测定了第一个基因组序列，是噬菌体X174的，全长5375个碱基[1]。自此，人类获得了窥探生命遗传差异本质的能力，并以此为开端步入基因组学时代。研究人员在Sanger法的多年实践之中不断对其进行改进。

SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类

1、年发表在Nature Methods杂志上的 SCENIC 算法，利用单细胞RNA-seq数据，同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定，应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，提出并证明了 顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。

2、通过将单细胞调控网络推断和聚类（SCENIC）应用于成对的单细胞新/旧转录组。作者鉴定出79个协同调节的TF调控，且至少在一种细胞类型中具有显著的顺式调节基序富集。

3、利用scNT-seq可以分析细胞内RNA的动态变化，基因调节网络活动，以及细胞状态的轨迹分析。他们用原代皮层神经元细胞作为用于评价scNT-seq在定量新RNA和老RNA的性能的模型系统。

4、在此我们对衰老以及CR小鼠建立不同组织的单细胞以及单细胞核转录组图谱。我们发现CR减弱了衰老相关的变化，包括细胞组成类型、基因表达、核心转录调控网络。在衰老过程中免疫细胞增多，CR有利于逆转这种衰老造成的免疫微环境。

5、组1表达外周单核样细胞marker（S100A8，FCN1，CD14），组2高表达各种趋化因子（CCL2，CCL3，CXCL10），这两组细胞都表现出M1极化样。

6、构建细胞图谱 植物叶是由不同形态且具有特定功能的细胞构成，不同细胞类型的基因表达模式存在差异。

植物转录因子调控网络该怎么研究?

然而，每个模块包含数千个具有不同功能的基因，而且太大而不能作为一个整体进行评估。 ***设：由于该网络已经能够在这个尺度上提供生物学功能的线索，因此可以根据局部规模的连通性来确定更小通路的潜在调控因子 。

大体的实验[_a***_]可分为：利用甲醛交联转录因子与DNA片段；切断DNA为100到500bp的片段；通过转录因子特异性抗体，富集与TF结合的DNA；去交联后，富集DNA进行芯片或高通量测序。

转录因子（Transcription factors ，TFs）可以结合在基因上游特异的核苷酸序列上，以此调控基因的表达。基因转录调控网络描述转录因子及其调控的基因之间的关系。

转录因子除了能与基因上游的启动子区域结合外，也可以转录因子复合物的形式和其它转录因子结合来调控基因的转录。无论是TF还是TFBS的同类预测，生物信息的研究手段主要依赖于蛋白质或者DNA的序列保守性进行。

并且与多种疾病和表型相关。因此转录因子调控网络分析将为基因调控、组织分化、疾病发生等相关研究提供了必要的数据参考。应用领域 基因调控分析；疾病基础研究：如疾病的发生与发展机制研究，组织分化；进化分析。

染色质免疫沉淀技术 （chromatin immunoprecipitation assay，ChIP）被广泛用于研究体内转录因子与靶基因启动子上特异性核苷酸序列的结合，并已成为研究染色质水平基因表达调控的最有效的方法。

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